Содержание
25 Перечень баз данных и программ, используемых для исследований метаболизма и взаимодействий соединений приведен в таблице 1. PubChem BioAssay и ChemBank являются большими архивными базами, обеспечивающими доступ к миллионам результатов скрининга, как
27 Metrabase обеспечивает легкий доступ к данным, характеризующим взаимодействия белков, участвующих в транспорте и метаболизме ксенобиотиков и их низкомолекулярных субстратов и модуляторов. Включает в себя более 11500 записей взаимодействий с участием
28 Основное содержание БД ассоциировано с транспортёрами MDR1, BCRP1, PEPT1, MRP1-4, OCT1, OATP1B1, OATP2B1, OATP1B3, OATP1A2 и ASBT, другие 7 транспортёров (OATP3A1, OATP4A1, MCT1, OATP2A1, OSTα/OSTβ, GLUT1 и LAT1) имеют небольшое количество связанных
28 В Metrabase выделены четыре основных раздела
28 ChEMBL (EBI, UK) содержит данные по соединениям, которые включают в себя 3D-структуры, наименования и идентификаторы (SMILES, InChI, InChIKey), химические и физические свойства, информацию о биологической активности, а также ссылки на другие базы дан
28 Помимо литературных данных, ChEMBL также содержит структуры и аннотации для пищевых веществ и медикаментов. Для последних указываются торговые названия, способы введения, информация о дозировке. Структуры для новых ингредиентов лекарств присваиваются
29 Наиболее важными типами объектов в ChEMBL являются документы (из которых извлекаются данные), соединения (вещества, которые были протестированы на биоактивность), пробы (отдельные эксперименты, которые были проведены для оценки биоактивности) и мишен
29 Поскольку одно и то же соединение может несколько раз тестироваться в различных пробах и публикациях, составные записи сверяются по структурам для формирования молекулярного словаря без повторов.
29 ExplorEnz http
29 BRENDA http
29 Информация включает название, структуру, InChIKey, роль (субстрат, продукт, ингибитор, активатор или кофактор), кинетические данные ферментативных реакций, ссылки на PubChem и онтологии, относящиеся к запрашиваемому соединению в ChEBI.
29 Сильной стороной BRENDA является то, что эта БД содержит наиболее полную информацию о конкретном ферменте. Эти данные включают в себя
125 16. Villaveces J. M., Tools for visualization and analysis of molecular networks, pathways, and -omics data / J. M. Villaveces, P. Koti, B.H. Habermann // Adv. Appl. Bioinform. Chem. – 2015. – V 8. – P.11–22.
%
Signle page reading mode
Basic reading mode
Тэги
Заметки
Print
Video
Additional materials
Содержание

Практикум по биоинформатике в 2 ч. Ч. II

Автор: Часовских Н. Ю.
Main page
Открыть для копирования
В книге
На странице
Скачать выбранные
/ 126
1 126
Копирование: 63 (63) страницы | Печать: 25 (25) страниц
Ограничения на печать и копирование введены правообладателем. В скобках
указан остаток по каждому пункту с учетом того, что Вы уже использовали