Учебное пособие подготовлено по дисциплине «Биоинформатика» в соответствии с Федеральным государственным образовательным стандартом высшего профессионального образования для студентов, обучающихся по основным образовательным программам высшего образования – программам специалитета по специальностям «Медицинская биохимия», «Медицинская биофизика», «Медицинская кибернетика». Данное пособие (вместе с пособием «Введение в биоинформатику. Часть I») предваряет выход учебника Н.Ю. Часовских «Биоинформатика».
В пособии подробно рассмотрены основные инструменты биоинформатики, используемые для работы с данными протеомики, молекулярной биологии. На конкретном примере рассмотрена работа программы, выполняющей молекулярный докинг. Подробно рассмотрены инструменты для моделирования белков, большое внимание отводится вопросам оценки полученных моделей. Приведены веб-адреса и описание наиболее известных и популярных у исследователей программных пакетов и баз данных. Теоретическую часть завершают практические задания по темам (включены задания с подробным разбором их выполнения и задания, предназначенные для самостоятельной проработки), последовательности, необходимые для выполнения практических работ, а также вопросы для самоконтроля.