Содержание
5 Введение
7 Раздел 1 Основы компьютерного моделирования процессов и явлений
7 §1.1. Вычисление биологических характеристик объектов
7 Переменные и команды для управления переменными
8 Команды вывода
8 Например
9 Пример
9 Пример
9 Решение
10 Генерация векторов, матриц и массивов
10 Генерация векторов
11 где i и k соответственно первый и последний компонент вектора, а j – шаг между компонентами внутри вектора. Последнее число не может превышать последнюю компоненту k. Шаг j можно не указывать, тогда он будет равен по умолчанию 1, например
11 Например
12 Правила написания файлов-функций
14 Вопросы для самоконтроля
14 §1.2. Построение и анализ двумерных и трехмерных графиков
14 Генерация линий 2D-графиков
16 Генерация линий 3D-графиков
17 Генерация сетки 3D-графиков
19 Генерация поверхностей
20 Пример
20 Решение
21 Интерполяция и экстраполяция
23 Вопросы для самоконтроля
23 §1.3. Операторы управления
24 Оператор двоеточие «
24 Примеры
24 Условный оператор «if»
26 Оператор цикла «for»
26 Оператор цикла «while»
26 Пример
26 Решение
27 Оператор переключения «switch»
28 Пример
28 Решение
29 Вопросы для самоконтроля
29 Задачи к разделу
29 Вычисление биологических характеристик объектов
30 Построение и анализ двумерных и трехмерных графиков
31 Операторы управления
32 Раздел 2 Компьютерное моделирование процессов, описанных обыкновенными дифференциальными уравнениями, их системами, дифференциальными уравнениями в частных производных
32 §2.1. Анализ моделей биологических систем, записанных в виде обыкновенных дифференциальных уравнений и их систем
32 Схема компьютерного анализа динамики биологических систем на примере простых биохимических реакций
36 Усложненная форма OДУ-решателя (ode45)
39 Алгоритм определения динамики биохимических систем с использованием компьютера
39 Вопросы для самоконтроля
40 §2.2. Компьютерный анализ процессов диффузии в биологических объектах
41 Алгоритм решения уравнения в частных производных с использованием компьютера
45 Вопросы для самоконтроля
46 §2.3. Компьютерное моделирование процессов типа реакция-диффузия
46 Система двух уравнений реакция-диффузия
49 Вопросы для самоконтроля
49 §2.4. Компьютерное моделирование процесса развития раковой опухоли
49 Модель начальных этапов развития опухоли при ангиогенезе
53 Вопросы для самоконтроля
53 Задачи к разделу
53 Анализ моделей биологических систем, записанных в виде обыкновенных дифференциальных уравнений и их систем
54 Компьютерный анализ процессов диффузии в биологических объектах
55 Компьютерное моделирование процессов типа реакция-диффузия
58 Раздел 3 Компьютерный анализ моделей в эпидемиологии инфекционных заболеваний
58 §3.1. Компьютерный анализ простейшей модели распространение эпидемического инфекционного заболевания
58 Элементарная эпидемическая модель
60 Модель Кермака-МакКендрика
66 Исследование модели Кермака-МакКендрика на примере распространения эпидемии Великой Чумы
70 Вопросы для самоконтроля
70 §3.2. Исследование усложненной модели распространение эпидемического инфекционного заболевания (учет инкубационного периода и проведения лечения)
71 Латентный период
72 Модели c лечением
73 Моделирование гриппа
74 Вопросы для самоконтроля
75 §3.3. Анализ модели распространения инфекционного заболевания при не выработанном иммунитете
78 Вопросы для самоконтроля
78 §3.4. Построение аппроксимирующих кривых по экспериментальным данным
81 Нахождение аппроксимирующей кривой с использованием компьютера
81 Пример
81 Решение
83 Аппроксимация экспериментальных данных моделью пользователя
84 Алгоритм аппроксимации функции средствами графического окна Matlab
85 Алгоритм аппроксимации функции в Curve Fitting Toolbox
85 Вопросы для самоконтроля
86 Задачи к разделу
86 Компьютерный анализ простейшей модели распространение эпидемического инфекционного заболевания
86 Исследование усложненной модели распространение эпидемического инфекционного заболевания (учет инкубационного периода и проведения лечения)
87 Анализ модели распространения инфекционного заболевания при не выработанном иммунитете
87 Построение аппроксимирующих кривых по экспериментальным данным
89 Раздел 4 Основы биоинформатики
89 §4.1. Анализ и выравнивание (парное, множественное) нуклеиновых последовательностей
89 Статистический анализ последовательностей
89 Задание последовательностей
91 Примеры
94 Пример
94 Выравнивание последовательностей
95 Парное выравнивание
96 Глобальное выравнивание
97 Локальное выравнивание
99 Множественное выравнивание
100 Пример
103 Вопросы для самоконтроля
104 §4.2. Нахождение филогенетического расстояния методами Джукса-Кантора и Кимуры
104 Молекула ДНК
106 Вероятность замены
107 Пример №1
107 Решение
107 Событие
108 Пример №2
108 Взаимоисключающие события
109 Пример №3
110 Пример №4
111 Решение
112 Условная вероятность
113 Пример №5
113 Решение
113 Матричные модели замены нуклеотидов
114 Модель Джукса-Кантора
116 Пример №6
116 Решение
116 Пример №7
116 Решение
117 Модели Кимуры
117 Филогенетическое расстояние
119 Расстояние Джукса-Кантора
121 Пример №8
121 Расстояние Кимуры
123 Пример
123 Решение
124 Вопросы для самоконтроля
125 §4.3. Построение филогенетического дерева методом метод невзвешенного попарного среднего (UPGMA-метод)
126 Филогенетические деревья
126 Топология деревьев
127 Метрика деревьев
129 Дистанционные методы построения филогенетических деревьев
129 Метод невзвешанного попарного среднего (UPGMA-метод)
132 Компьютерная реализация процесса построения филогенетического дерева методом UPGMA (на примере программы Matlab)
133 Пример
133 Решение
134 Вопросы для самоконтроля
135 §4.4. Построение филогенетического дерева методом ближайшего соседа (NJ-метод)
139 Пример
139 Решение
141 Вопросы для самоконтроля
141 Задачи к разделу
141 Анализ и выравнивание (парное, множественное) нуклеиновых последовательностей
142 Нахождение филогенетического расстояния методами Джукса-Кантора и Кимуры
143 Построение филогенетического дерева методом метод невзвешенного попарного среднего (UPGMA-метод)
143 Построение филогенетического дерева методом ближайшего соседа (NJ-метод)
144 Тестовые задания для самоконтроля
144 Раздел 1. Основы компьютерного моделирования процессов и явлений
148 Раздел 2. Компьютерное моделирование процессов, описанных обыкновенными дифференциальными уравнениями, их системами, дифференциальными уравнениями в частных производных
153 Раздел 3. Компьютерный анализ моделей в эпидемиологии инфекционных заболеваний
157 Раздел 4. Основы биоинформатики
162 Приложение
164 Глоссарий
166 Примерная тематика НИР
167 Эталоны ответов к тестовым заданиям
168 Ответы на задачи
168 Раздел 1. Основы компьютерного моделирования процессов и явлений
170 Раздел 2. Компьютерное моделирование процессов, описанных обыкновенными дифференциальными уравнениями, их системами, дифференциальными уравнениями в частных производных
173 Раздел 3. Компьютерный анализ моделей в эпидемиологии инфекционных заболеваний
174 Раздел 4. Основы биоинформатики
179 Список сокращений
180 Список литературы
%
Одностраничный режим чтения
Основной режим чтения
Тэги
Заметки
Отправить на печать
Видео
Доп.материалы
Содержание

Компьютерное моделирование в биологии и медицине

Авторы: Шадрин К. В., Виноградов К. А., Наркевич А. Н.
Вернуться на сайт
Открыть для копирования
В книге
На странице
Скачать выбранные
/ 184
1 184
Копирование: 90 (90) страниц | Печать: 36 (36) страниц
Ограничения на печать и копирование введены правообладателем. В скобках
указан остаток по каждому пункту с учетом того, что Вы уже использовали